http://www.cosbi.eu/

da articolo di Caterina Perniconi

Gli esperimenti adesso li fa il computer

«La Scienza è finita». Almeno quella tradizionale. L’ha condannata, scrive Wired, l'informatica. Confrontate con la gran quantità di dati e calcoli computazionali, le teorie e gli esperimenti in laboratorio sembrano ormai obsoleti. Con la connessione in rete dei database gli elementi ormai archiviati in petabyte (biliardi di byte) possono essere elaborati per ottenere tutte le informazioni necessarie a riprodurre sistemi biologici, habitat naturali, schemi comportamentali. Evoluzioni che gli studi tradizionali non riescono a prevedere. Si possono ricostruire, grazie all'identificazione delle sequenze genomiche, interi ecosistemi. Il biologo Craig Venter, dopo aver studiato l'oceano ha iniziato il sequenziamento dell'aria scoprendo centinaia di forme batteriche sconosciute. Non si tratta di specie in senso darwiniano, perché Venter non conosce né il loro aspetto, né la loro morfologia, ma di sequenze genomiche che statisticamente possono rappresentarle.
L'applicazione dei linguaggi di programmazione alla biologia consente di prevedere l'insorgere di malattie e studiare i farmaci più adatti. La biologia dei sistemi è studiata dal Centre for Computational and Systems Biology di Trento, CoSBi, un sito italiano d'eccellenza finanziato da Microsoft Research e dall'Università di Trento. La tecnica utilizzata è di simulare lo sviluppo delle malattie studiando il comportamento dei sistemi (geni, proteine, enzimi) anziché delle singole unità (cellula) per avere una visione d'insieme della loro interazione. I risultati consentono di ridurre i tempi di sperimentazione e progettare farmaci in grado di debellare i processi patologici. Per questo il CoSBi ha una partnership con la GlaxoSmithKline. «Uno dei nostri progetti, spiega il presidente Corrado Priam, è in collaborazione con l'Università di Catanzaro. Si tratta dello studio di un tipo di tumore della mammella molto sviluppato in quella zona, che riteniamo possa avere determinate caratteristiche ambientali. L'avvicinamento al mondo informatico è stato naturale: se il computer può rappresentare in astratto un sistema biologico, allora può anche prevederne l'evoluzione, creando un modello di comportamento perfettamente funzionante utile quindi a mettere in evidenza e localizzare eventuali malfunzionamenti. Il tutto secondo reazioni riprodotte al computer il più possibili simili a quelle umane. Gli esperimenti in silico consentono di risparmiare tempo prezioso rispetto a quelli in vitro». La ricerca del CoSBi si concentra sui tumori e sulle altre malattie di cui si conosce la base molecolare, come quelle autoimmuni. Inoltre, la biologia dei sistemi può essere applicata alla nutrigenomica, la scienza che studia l'intervento del cibo sul Dna, per attivare geni che impediscano l'insorgere di una patologia. Fra gli istituti che si stanno convertendo all'informatica per sperimentare le tecniche scientifiche c’è poi l'Istituto di Ingegneria Genetica e Biotecnologia di Trieste, promosso dall'Unido ( United Nations Industrial Development Organization) presente nel mondo con una sede a New Delhi e una a Cape Town, finanziato per l'80% dall'Italia. Il centro ha creato un gruppo di lavoro apposito per studiare le applicazioni della bioinformatica sulle malattie genetiche.
Tutto questo non significa che gli esperimenti di laboratorio siano superati: malgrado la precisione dei risultati computazionali c'è sempre una percentuale statistica da valutare soprattutto nelle evoluzioni. Intanto, però, si possono prevedere e contrastare future degenerazioni. Nell'era del petabyte, col monitoraggio online dell'enorme quantità di informazioni a disposizione, gli istituti di ricerca possono prevedere le evoluzioni delle malattie e valutare lo stato di salute delle diverse popolazioni. Un potere che peraltro crea qualche problema di privacy. Tipico il caso dell’ultima idea di Google, la localizzazione geosatellitare dei dati sanitari. Si chiama HealthMap il servizio che mostra la diffusione delle epidemie. E’ una mappa interattiva, creata da Google e dai ricercatori del Boston Children's Hospital e dell'Università di Harvard. Cliccando su qualsiasi punto del mondo, con un meccanismo simile al motore di ricerca, appaiono decine di notizie riguardanti le malattie presenti sul posto, le accortezze da prendere, i dati epidemiologici. Il sistema raccoglie i dati da più 20mila siti ed è in contatto con l'Organizzazione Mondiale della Sanità. Si possono trovare però esempi discutibili: è bastato che l’anno scorso morisse un turista a Como di salmonella per far dire a Google che Como è a rischio salmonella.

Fonte: www.repubblica.it supplemento Affari&Finanza 21 luglio 2008